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  • 高斯軟件分子內坐標的輸入 - 下載本文

    分子內坐標輸入

    以含H2O的高斯輸入格式為例: # p HF/STO-3G

    Water energy 0 1 O

    H 1 0.956

    H 1 0.956 2 104.5

    計算的最基本格式如上例所示,第一行表示計算方法和基組,

    然后空一行,第三行表示名稱,然后空一行,藍色的一行兩個數字分別表示分子電荷和自旋多重度,紅色部分為分子內坐標。

    在分子內坐標系中,分子中每個原子的相對位置是用與它成鍵的另一原子間鍵長、該鍵與另一化學鍵間的鍵角,以及后者與和它有一條公共邊的另一鍵角所成的二面角來確定。可以理解為原子在空間的相對位置,取分子中的一個原子作為參考原子逐步確定其他原子的位置。

    需注意:

    [鍵長]的默認單位為?; 0o< [鍵角]≤180o。

    [二面角]的定義為包含原子A、1、2 的平面與包含原子1、2、3 的平面所成的夾角,其取值區間為[-180o, 180o]。

    二面角所取的正負符號由“右旋法則”確定。

    用“右旋法則”確定二面角的正負時,取包含參考3個原子的平面為基準面、參考原子2指向參考原子1的位矢方向為基轉軸的正方向。若被定義的原子A與參考原子1、2構成的平面位于基準面的逆時針方位,則其二面角參量為正號,否則為負號。

    以上是關于內坐標的解釋,我們在輸入分子內坐標時大多依靠軟件(chem3D和 gauss view)進行。

    下面以甲烷為例說明:

    首先使用chem3D畫一個甲烷分子;

    然后另存為格式為gjf

    使用記事本打開保存的文件,如果是內坐標表示完成;如果顯示的是笛卡爾坐標如下

    關掉文件,再使用gauss view 打開文件后,右擊,選擇file→save

    文件儲存類型選擇Gaussian Input Files(*gjf),write Cartesians(表示的是笛卡爾坐標)前面不打勾。保存的文件即為甲烷的內坐標。





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